Hacia finales del siglo XVI, el fray franciscano Gerónimo de Mendieta narra que, cuando les faltaban frailes a los conversos indígenas, pidieron: “Dadnos siquiera un hábito de San Francisco, y los domingos y fiestas hemos de ponerlo levantado en un palo”. Aunque la reverencia por las reliquias era una práctica prevalente por todo el mundo católico, los frailes tenían razón en temer el regreso de la misma idolatría que se esforzaban por eliminar. Comentando la adopción de la práctica de la flagelación por los indígenas, el mismo Mendieta relata: “En otro tiempo fue costumbre muy usada […] hacer disciplinas delante de la iglesia por todo el año. Y muchas veces había casi toda la noche azotes en el patio, que estando en la oración después de maitines los religiosos, oían azotarse los indios allá fuera, y alaban a Dios en ver su aprovechamiento”. Las palabras en cursiva se pueden leer como una definición persuasiva, es decir, expresan el anhelo de los frailes, aunque sin duda algunos de ellos habrán temido un retorno a los rituales sangrientos de los nahua. Igualmente, fray Diego Durán se daba cuenta de que las comunidades nahua apreciaban algunas fiestas religiosas en particular porque coincidían con las fiestas importantes del año ritual, una práctica que intentaba por eliminar – en vano.
Particularmente denso es el análisis de la decoración de la iglesia de San Miguel en Ixmiquilpan, Hidalgo, que ya ha sido objeto de varias interpretaciones.